Климат субтропический со значительными суточными и сезонными колебаниями температуры воздуха, малым количеством осадков, сухостью воздуха и малой облачностью. 

Средняя температура января колеблется от +2…−2 °C в долинах и предгорьях юго-запада и севера республики до −20 °C и опускается ниже на Памире. 

Абсолютный минимум температуры достигает −63 °C на Памире (Булункуль). 

Средняя температура июля от 30 °C в пониженных долинах юго-запада до 0 °C и ниже на Памире. 

Абсолютный максимум температуры составляет 48 °C (Нижний Пяндж).